上海交通大学医学院附属新华医院崇明分院创建于1915年，是崇明地区集医疗、教学、科研和预防保健为一体的现代化综合性医院。2009年上海市医疗卫生体制改革“5＋3＋1”建设工程，授权上海交通大学医学院附属新华医院负责全面管理和三级医院建设工作。2012年通过上海市三级乙等综合医院评审。2018年1月19日，新华-崇明区域医疗联合体深化改革试点启动，成为新华-崇明区域医疗联合体核心医院。2020年3月，被认定为首批上海市区域性医疗中心建设单位。2021年12月，成为上海健康医学院直属附属医院。
医院现有在职职工1295人，39个临床医技科室，核定床位1000张。年门急诊量119.3万人次，年出院病人4万余人次，年手术1.5万例。医院作为上海交通大学医学院、上海市住院医师规范化培训内科、妇产科、全科及助理全科专业基地，承担临床教学见实习任务以及住院医师培养。年均在院见实习学生和住院医师近200人。