学校现拥有附属公利医院、附属崇明区中心医院、附属周浦医院、附属嘉定区中心医院4所直属附属医院，以及附属奉贤区中心医院、附属金山区中心医院（上海市第六人民医院金山分院）、附属杨浦区精神卫生中心和附属喀什地区第二人民医院4所非直属附属医院，正在筹建附属第一康复医院（江湾医院）、附属上海市第四康复医院、附属赫尔森康复医院、附属安达医院、附属普瑞宝视眼科医院。