学校现拥有附属上海市第六人民医院东院、附属奉贤区中心医院、附属周浦医院、附属嘉定区中心医院和附属喀什地区第二人民医院共5所附属医院,正在筹建附属浦东新区人民医院、附属上海市第六人民医院金山分院和附属崇明区中心医院3所附属医院。此外,携手台湾联新国际医疗集团,积极筹建附属上海禾新医院为新型非直属附属医院。